فرزند آیت الله شبیری زنجانی از زبان پدر بزرگوارشان نقل نمودند که:
در سفری که امام خمینی(ره) و پدرم برای زیارت به مشهد مقدس رفته بودند امام در صحن حرم امام رضا (علیه السلام) با سالک الی الله حاج حسنعلی نخودکی مواجه می‌شوند. امام امت (ره) که در آن زمان شاید در حدود سی الی چهل سال بیشتر نداشت وقت را غنیمت می شمارد و به ایشان می‌گوید با شما سخنی دارم.حاج حسنعلی نخودکی می‌گوید: من در حال انجام اعمال هستم، شما در بقعه حر عاملی (ره) بمانید من خودم پیش شما می‌آیم. بعد از مدتی حاج حسنعلی می‌آید و می‌گوید چه کار دارید؟
امام (ره) خطاب به ایشان رو به گنبد و بارگاه امام رضا (علیه‌السلام) کرد و گفت: تو را به این امام رضا، اگر (علم) کیمیاداری به ما هم بده؟
حاج حسنعلی نخودکی انکار به داشتن علم (کیمیا) نکرد بلکه به امام (ره) فرمودند:اگر ما «کیمیا» به شما بدهیم و شما تمام کوه و در و دشت را طلا کردید آیا قول می‌دهید که به جا استفاده کنید و آن را حفظ کنید و در هر جایی به کار نبرید؟
امام خمینی (ره) که از همان ایام جوانی صداقت از وجودشان می‌بارید، سر به زیر انداختند و با تفکری به ایشان گفتند: نه نمی‌توانم چنین قولی به شما بدهم.
حاج حسنعلی نخودکی که این را از امام (ره) شنید روبه ایشان کرد و فرمود: حالا که نمی‌توانید «کیمیا» را حفظ کنید من بهتر از کیمیا را به شما یاد می‌دهم و آن این که:

  - بعد از نمازهای واجب یک بار آیه الکرسی را تا «هو العلی العظیم» می‌خوانی.
  - و بعد تسبیحات فاطمه زهرا سلام الله علیها را می‌گویی.
  - و بعد سه بار سوره توحید «قل هو الله احد» را می‌خوانی.
  - و بعد سه بار صلوات می‌گویی: اللهم صل علی محمد و آل محمد
  - و بعد سه بار آیه مبارکه: وَمَنْ یَتَّقِ اللَّهَ یَجْعَلْ لَهُ مَخْرَجًا وَیَرْزُقْهُ مِنْ حَیْثُ لا یَحْتَسِبُ وَمَنْ یَتَوَکَّلْ عَلَى اللَّهِ فَهُوَ حَسْبُهُ إِنَّ اللَّهَ بَالِغُ أَمْرِهِ قَدْ جَعَلَ اللَّهُ لِکُلِّ شَیْءٍ قَدْرًا؛ (سوره طلاق آیه 2 و 3)

را می‌خوانی که این از کیمیا برایت بهتر است.
فرزند آیت الله شبیری زنجانی اضافه می نمایند که پدرم می‌فرمودند بعد از آن دیگر هیچ وقت محتاج نشدم.
حاج آقا مصطفی خمینی (فرزند ارشد امام راحل) نیز ذیل توضیح در باب این دیدار تاکید می نمایند
امام فرموده بوده که : رفیق ما [آیت الله شبیری] به صورت منقطع به این توصیه عمل کرد؛ ولی من از آن موقع تاکنون، آن‌ را ادامه داده‌ام و هر چه دارم، از آن دارم.

اقتباس از پایگاه صالحات

منزل یعنی محل نزول ...
یعنی جایی که به آن نازل می شوند ...
پس هر وقت دلت هوای مولایت را کرد بدان که آن زمان دلت منزل آقاست ...
مثل همین الان که دلتان هوای ایشان را کرده ...
شنیبده ای که می گویند القلب حرم الله ...
آری قلب حرم خدای تعالی است ...
می دانی کی زمان رویت روی ماه آقایت می رسد ...
زمانی که قلبت همواره به یاد آقا باشد ...
پس سعی کن قلبت همواره برای آقا باشد و بخاطر او بتپد ...
و برای رسیدن به این مهم باید با تمام توان به این گفته عمل کنی که ...
فلا تسکن حرم الله غیر الله ...
آری بجر خدا و اولیایش نباید در قلب بگنجانی ...
و ای کاش که قلبمان همواره منزل آقای خوبی ها باشد ...
آن زمان است که با قوت قلب می توانی بسرایی که ...

رواق منظر چشم من آشیانه توست
کرم نما و فرود آ که خانه خانه توست

تا حالا شده بشنوید که یکی داره توی باغش علف هرز پرورش می ده!؟ هفته ای چند مرتبه هم بهشون آب می ده و براشون کود می خره؟
یا اینکه یکی به یه مُرده بهترین غذای دنیا رو داده و بهترین تقفریحات رو براش فراهم کرده؟
هیچ انسان عاقلی موارد بالا و بسیاری از این موارد رو باور نمی کنه. اصل اینه که باغبان برای پرورش درختان به باغ آب و کود می ده و بهشون رسیدگی می کنه. حالا این وسط یه تعدادی علف هرز هم از این آب و کود و رسیدگی بهره مند می شوند.
در مورد مُرده هم همینطوره. اگر کسی مورد توجه و رسیدگی قرار می گیره بخاطر این جسم خاکی که قراره چند روز دیگه بپوسه نیست. بلکه بخاطر روحی است در کالبد این جسم قرار گرفته.
نسبت ما و امام عصر هم همینطوره. یعنی اگر به ما نعمتی می رسه، اگر توجهی از سوی یکتای بی همتا به ما می شود و اگر حتی زنده ایم به یمن وجود آن امام عزیزه. چرا که فرمود

بِیُمْنِهِ رُزِقَ الْوَری وَ بِوُجوُدِهِ ثَبَتَتِ الْأَرْضُ وَ السَّمَاء
به میمنت و برکت او خلایق روزی داده می‌شوند و به واسطه وجود او زمین و آسمان برجا ایستاده‌است.
(بحارالانوار،ج 1، ص 94 - مفاتیح الجنان، دعاى عدیله.)